A habilitação em órgão foi criada em 1892, durante a gestão de Leopoldo Miguez, após a compra de dois órgãos da marca Sauer, um de concerto e outro de estudo. O primeiro professor foi Alberto Nepomuceno, que foi sucedido por, entre outros, Antônio Silva, Mário Gazanego e Gertrud Mersiovsky. O curso tem duração de quatro anos com um total de 2400 horas. O aluno de órgão da Escola de Música tem à sua disposição três instrumentos: o Sauer de estudo, em pleno funcionamento na Sala Henrique Oswald, o órgão Tamburini de 1954, atualmente em reforma, e o órgão digital Rogers, adquirido em 2008.