Os departamentos representam a menor fração da estrutura universitária. Para os efeitos de organização administrativa, didático-científica e de distribuição de pessoal, compreende disciplinas afins e congrega professores para o objetivo comum de ensino, pesquisa e extensão. O departamento é dirigido por um chefe, designado pelo diretor da unidade, mediante prévia indicação do corpo deliberativo pelo voto da maioria dos presentes, à reunião convocada para este fim, sendo preferido, em caso de empate, o mais antigo na categoria. O corpo deliberativo de um departamento é composto pelos professores Titulares, professores Associados e Adjuntos e professores contratados a esses níveis, além de um representante dos professores Assistentes e Auxiliares, representantes do Corpo Discente, eleitos entre os alunos das disciplinas compreendidas no Departamento, e representantes do Corpo Técnico-administrativo, na forma da legislação vigente.
São 7 os departamentos na Escola de Música:
- Instrumentos de Teclado e Percussão (01)
- Composição (02)
- Instrumentos de Arco e Cordas Dedilhadas (03)
- Musicologia e Educação Musical (04)
- Vocal (05)
- Instrumentos de Sopro (06)
- Música de Conjunto (07)