A direção da Escola de Música é composta pelo diretor, pelo vice-diretor e pelos diretores adjuntos. Há ainda os coordenadores de curso e os chefes dos setores administrativos. O diretor e o vice-diretor são nomeados pelo Reitor da UFRJ a partir de uma lista tríplice elaborada pela Congregação. O processo de escolha pode ser precedido por uma consulta ao corpo social da unidade, onde docentes, discentes e técnicos votam nas chapas inscritas. O mandato é de quatro anos, podendo haver uma recondução. Os diretores adjuntos são indicados pelo diretor e homologados pela Congregação. O coordenador de licenciatura é eleito pela Congregação e o coordenador de pós-graduação pelos professores do programa. Os chefes dos setores administrativos são nomeados pelo diretor.

Gestão 2011-2015

Diretor
André Cardoso 

Vice-Diretor
Marcos Nogueira

Diretor Adjunto de Graduação
Afonso Barbosa Oliveira

Coordenador de Licenciatura
Celso Ramalho

Coordenador de Pós-Graduação
Marcos Nogueira

Diretor Adjunto do Setor Artístico
João Vicente Vidal

Diretor Adjunto dos Cursos de Extensão
Miriam Grosman